ECサイトの決済手数料は「3.4%」のような1つの数字で語られがちです。実際には、率だけで決まるもの、1件あたりの固定額がかかるもの、月額が乗るものが混在しています。どの決済手段を受け付けるかで、同じ売上でも支払う金額が変わります。2026年9月25日に5つのECサイト構築サービスの公式ページで確認した料率を、手段ごとに並べて比べます。
この記事の要点
- 決済の費用は率・1件あたりの固定額・月額の3種類に分かれます。月額が乗る決済があることを知らないと見積もりが外れます。
- カラーミーショップはPayPayと楽天ペイに月額2,200円がかかります。両方入れると月4,400円で、レギュラープランの月額4,950円に近い金額です。
- makeshopはカード決済そのものに月1,650円（プレミアムプラン）。エンタープライズプランでは0円です。
- Shopifyはカードのブランドで率が変わります。Basicで標準3.55%に対し、Amexと海外発行カードは3.9%です。
- BASEとSTORESはQRコード決済や後払いを選ぶと率が上がる方式で、月額はかかりません。
サービスそのものの比較はECサイト構築サービス比較5選にあります。この記事は決済手段の構成に絞ります。
決済の費用は3種類ある
図1 決済にかかる費用の3つの形
率だけ
売上に対して何%。売れなければ0円です。月額0円のプランと相性がよい形です。
率＋1件あたりの固定額
「3.6%＋40円」のような形。注文単価が低いほど、実質の率が跳ね上がります。
月額＋率
「月額2,200円＋3.45%」のような形。売れない月にも月額が出ます。
同じ決済手段でも、サービスによって形が違います。PayPayを例にすると、makeshopは3.45%だけ、カラーミーショップは月額2,200円＋3.45%（プレミアムプランは月額なし）、STORESは対象決済手段としてフリー6.5%・スタンダード4.6%という扱いです。同じ決済サービスを使っていても、通す経路によって料金の形が変わります。
カード決済の率を5サービスで並べる
まずは基本になるクレジットカードです。有料プランで比べます。
| サービス／プラン | 決済手数料 | 別枠の手数料 | 決済にかかる月額 |
|---|---|---|---|
| BASE グロース | 2.9% | サービス利用料0円 | なし |
| カラーミーショップ プレミアム | 2.99%〜 | 販売手数料0円 | なし |
| makeshop エンタープライズ | 3.14% | 販売手数料0円 | 0円 |
| カラーミーショップ ラージ | 3.19%〜 | 販売手数料0円 | なし |
| makeshop プレミアム | 3.19%〜 | 販売手数料0円 | 1,650円 |
| Shopify Advanced | 3.25%＋0円 | 外部決済を使うと0.6% | なし |
| カラーミーショップ レギュラー | 3.4%〜 | 販売手数料0円 | なし |
| Shopify Basic | 3.55%＋0円 | 外部決済を使うと2% | なし |
| STORES スタンダード | 3.6%〜 | なし | なし |
| BASE スタンダード | 3.6%＋40円 | サービス利用料3% | なし |
低い順に並べると、BASEのグロースが2.9%で先頭に立ちます。ただしこのプランは月額16,580円（年払い）です。月額を払わずに率だけで比べると意味がないので、自分の月商で総額を計算する必要があります。各サービスの月額と率の組み合わせは、BASE、カラーミーショップ、makeshop、STORES、Shopifyのそれぞれの記事で計算しています。
BASEのスタンダードだけ、決済手数料の下にサービス利用料3%が別に乗ります。表の「3.6%＋40円」を他社の「3.6%〜」と同じ数字として読むと、3ポイント分を見落とします。実質の負担は6.6%＋40円です。
QRコード決済と後払いは、上がるか月額が乗るか
カード以外の決済手段を入れると、扱いが変わります。ここが構成を考えるうえでいちばん効きます。
| サービス | PayPay | Amazon Pay | 後払い |
|---|---|---|---|
| カラーミーショップ（レギュラー・ラージ） | 月額2,200円＋3.45% | 3.9% | 4.0%〜 |
| カラーミーショップ（プレミアム） | 3.45% | 3.9% | 4.0%〜 |
| makeshop | 3.45% | 3.9% | Paidy 3.5%／atone翌月後払い 3.5% |
| BASE スタンダード | 4.6%＋40円（＋サービス利用料3%） | 4.6%＋40円（＋サービス利用料3%） | PAY ID あと払い 3.6%＋40円（＋3%） |
| STORES フリー | 6.5% | 6.5% | 6.5%（ペイディ・atone） |
| STORES スタンダード | 4.6% | 4.6% | 4.6%（ペイディ・atone） |
カラーミーショップの楽天ペイも月額2,200円＋4%で、こちらはプレミアムプランでも月額がかかります。PayPayと楽天ペイの両方を入れると、月4,400円が固定費に加わる計算です。
一方、makeshopはPayPayもAmazon Payも月額なしの率だけです。QRコード決済の比率が高い店では、この差が効きます。ただし後述するとおり、利用条件に法人であることが求められます。
固定額の決済は、単価が低いほど重い
コンビニ払いと代引きは、率ではなく1件あたりの固定額で書かれていることが多い決済です。カラーミーショップはコンビニ払い165円〜、代引き決済396円〜と掲示しています。
| 注文単価 | コンビニ払い165円 | 代引き決済396円 | カード決済3.4%との差（代引きの場合） |
|---|---|---|---|
| 1,000円 | 16.5% | 39.6% | ＋36.2ポイント |
| 3,000円 | 5.5% | 13.2% | ＋9.8ポイント |
| 5,000円 | 3.3% | 7.9% | ＋4.5ポイント |
| 10,000円 | 1.7% | 4.0% | ＋0.6ポイント |
| 30,000円 | 0.6% | 1.3% | −2.1ポイント |
割合は掲示されている金額から当サイトが計算したものです。単価1,000円の商品を代引きで売ると、売上の約4割が決済手数料に消えます。逆に単価30,000円なら、代引きのほうがカードより安くなります。
低単価の商材を扱うなら、代引きを受け付けるかどうかは慎重に考える必要があります。受け付けるとしても、代引き手数料を購入者負担にするか、最低注文金額を設けるかといった設計が要ります。後払い決済の相場そのものは後払い決済サービス6社の比較にまとめています。
カードのブランドで率が変わるのはShopify
5サービスの中で、カードのブランド別に料率を公表しているのはShopifyだけでした。
| カードの種類 | Basic | Grow | Advanced | Plus |
|---|---|---|---|---|
| 標準のオンラインカード | 3.55%＋0円 | 3.4%＋0円 | 3.25%＋0円 | 2.9%＋0円 |
| JCB（オンライン） | 3.55%＋0円 | 3.4%＋0円 | 3.25%＋0円 | 2.9%＋0円 |
| American Express（オンライン） | 3.9%＋0円 | 3.85%＋0円 | 3.8%＋0円 | 3.75%＋0円 |
| 海外発行カード（オンライン） | 3.9%＋0円 | 3.85%＋0円 | 3.8%＋0円 | 3.75%＋0円 |
他の4サービスは、カード決済をひとまとめの率で掲示しています。ブランド別の内訳が公開されていないため、Amexを受け付けたときに率が変わるかどうかは、この5社の公式ページからは判断できませんでした。
Shopifyの表で注目したいのは、JCBが標準料率と同じ扱いになっていることです。日本の決済サービスではJCBだけ別料率にしている例もあります。上位プランに上げたときの下げ幅も、標準料率は0.65ポイントあるのに対し、Amexと海外カードは0.15ポイントしかありません。
法人と個人事業主で条件が変わる
料率だけでなく、そもそも使えるかどうかがアカウントの種別で変わる場合があります。
| サービス | 確認できた条件 |
|---|---|
| makeshop（makeshopペイメント） | AmazonPayとPayPayは「日本国内の法人であることが利用条件」。PayPayは個人事業主の場合にGMOイプシロン経由となり月2,200円（税抜2,000円）がかかる |
| makeshop（オプション） | 分割・リボルビングは法人550円／個人220円、決済承認通知メールは法人550円／個人330円、メールリンクは法人2,200円／個人1,100円と、法人と個人で料金が分かれている |
| BASE | 「決済手段を導入するために個人情報の入力は必須となりますが、任意で非公開に設定できます（法人をのぞく）」と記載 |
| STORES・カラーミーショップ・Shopify | 料金ページに事業者形態による決済条件の記載を確認できなかった |
個人事業主として始める場合、makeshopではAmazon Payが条件を満たさず、PayPayには月額が付きます。法人化の予定があるかどうかで、選ぶサービスが変わる可能性があります。
決済の申し込みが要るサービスと、要らないサービス
料率の前に確認しておきたいのが、決済を使い始めるまでの手続きです。5サービスで書きぶりが分かれています。
| サービス | 公式ページの記載 | 読み取れること |
|---|---|---|
| BASE | 「面倒な申し込みや手続き、審査が不要。時間も手間もかけずに、好きな決済方法を導入できます」 | 審査の待ち時間を見込まなくてよい |
| STORES | 「おもな決済手段が個別申請なしで使えて、面倒な手続き不要」。ただしクレジットカード決済の追加は開始まで4営業日前後かかる場合があると別途注記 | 個別申請は不要だが、カードは日数がかかる |
| makeshop | makeshopペイメントとして「複数決済を揃えたmakeshop利用者限定プラン」。「ご利用には各社とのご契約が必要になります」と注記 | まとめて申し込めるが、契約は各社と結ぶ |
| カラーミーショップ | 「決済サービスのご利用には、別途決済代行会社とのご契約が必要です」 | 決済代行会社との契約が前提になる |
| Shopify | Shopify ペイメント以外を使う場合は外部サービスの取引手数料がかかる | 自社決済に寄せる設計になっている |
掲示されている料率が「契約すれば必ずその率になる」ものなのか、「参考値」なのかも、ここに関わります。カラーミーショップの注記には「決済手数料は、決済プラン『カラーミーペイメント』を契約した場合の料金を参考にしています」とあります。別の決済代行会社と契約した場合の料率は、比較表の数字とは別になるということです。
「対象決済手段」でまとめる方式と、1つずつ出す方式
料率の書き方そのものにも2つの流儀があります。この違いを知っておくと、表を読み違えずに済みます。
2つの書き方
- まとめて書く方式。STORESは「次の決済手段は、決済手数料がフリープランの場合6.5%、スタンダードプランの場合4.6%になります」として、PayPal・あと払い（ペイディ）・atone・楽天Pay・PayPay残高・Amazon Pay・キャリア決済の7つを1つの率でくくっています。対象に入るかどうかだけを見れば率が決まります。
- 1つずつ出す方式。カラーミーショップとmakeshopは、決済手段ごとに行を分けて率と月額を掲示しています。手段ごとに条件が違うため、自分が使う手段の行だけを読めば済みます。
まとめて書く方式は分かりやすい反面、対象に入っている手段を1つでも使うと率が上がります。買い物客が支払い方法を選ぶ以上、店側で構成比を完全には決められません。見積もりを立てるときは、対象の率で全件が処理される前提で計算しておくと下振れしません。
1つずつ出す方式は、使う手段を絞れば費用を抑えられます。ただし月額が付く手段があるため、行を見落とすと固定費を読み違えます。カラーミーショップのPayPayと楽天ペイがその例です。
不正対策のコストは別に見積もる
決済手数料の表には出てこない費用として、不正利用への対策があります。makeshopはオプションの料金を公表しているので、金額の目安として使えます。
| オプション | 法人 | 個人 | 内容 |
|---|---|---|---|
| セキュリティコード | 無料 | カード裏面の3桁（Amexは表面4桁）で本人認証 | |
| 不正検知 | 3,300円／月 | 配送・提供前に不正利用かどうかを確認 | |
| チャージバック保証 | 3,900円（非課税）／月 | チャージバックの請求額を負担しなくて済む。上限100万円／月 | |
| 即日売上入金 | 手数料1.5% | 決済完了した注文を選んで申請すると最短即日で受け取れる | |
不正検知とチャージバック保証を両方入れると月7,200円です。カード決済の月1,650円と合わせて月8,850円になり、makeshopのプレミアムプランの月額13,750円の6割を超えます。不正対策をどこまで入れるかは、決済手数料の率より大きく効く場合があります。
STORESは料金ページで「セキュリティも『3Dセキュア2.0』に標準対応」と記載しています。標準で含まれるのか追加費用がかかるのかは、この記載からは追加料金の言及がないため、含まれると読めます。
各社が出す他社比較表の読み方
サービス側が他社との比較表を掲載していることがあります。makeshopのmakeshopペイメントのページには、自社と4社を並べた表があります。
他社が「B社」「C社」「F社」「海外S社」と匿名で書かれているため、どの数字がどのサービスのものかは、この表だけでは特定できません。表の下には「法人のお申し込みで、各社サービスの一般的なプランをご利用の場合」「カード会社はVISA/Mastercardの場合で算出」「後払い決済の ◎/〇/△ は対応サービス数、サービスの業界シェアを基準としています」という注記が付いています。
この種の比較表は、どのプランを比較対象にしたかで数字が変わります。自分が検討しているプランと同じ条件で作られているとは限りません。金額の判断は、各社の公式料金ページを自分で開いて確かめてください。この記事の表も、すべて各社の公式ページから直接読み取った数字です。
決済構成を変えると、実効率はどれだけ動くか
最後に、決済手段の構成によって実効率がどう変わるかを計算します。カラーミーショップのレギュラープランを例にします。
| 決済の構成 | 決済手数料 | 決済の月額 | 合計 |
|---|---|---|---|
| カードのみ（3.4%） | 34,000円 | 0円 | 34,000円 |
| カード80%＋PayPay20% | 33,800円 | 2,200円 | 36,000円 |
| カード60%＋PayPay20%＋楽天ペイ20% | 34,300円 | 4,400円 | 38,700円 |
| カード70%＋代引き30%（60件） | 47,560円 | 0円 | 47,560円 |
金額は掲示されている料率から当サイトが計算したものです。QRコード決済を2つ足しても、増えるのは月4,700円ほどです。一方、代引きを3割に入れると13,560円増えます。単価5,000円に対して396円という固定額の重みが、そのまま出ています。
決済構成を決めるときの5つの確認
- 平均注文単価。固定額の決済を入れるかどうかが、ここで決まります。
- 月額が付く決済があるか。カラーミーショップのPayPayと楽天ペイ、makeshopのカード決済。
- 法人か個人事業主か。使えない決済手段や、料金が変わるオプションがあります。
- 別枠の手数料。BASEのスタンダードは決済手数料とサービス利用料を足して読みます。
- 不正対策の費用。月額のオプションになっている場合、固定費に加算します。
開設時の設定の順番はネットショップ開設の手順と初期設定に、契約後に動きにくくなる条件はECサイトの乗り換えと解約にまとめています。
この記事で確認できなかったこと
| 項目 | 状況 |
|---|---|
| 各社の「〜」の上限 | カラーミーショップ、makeshop、STORESとも下限のみの表示で上限の記載なし |
| Shopify以外のブランド別料率 | カード決済をひとまとめの率で掲示しており、Amexや海外カードの扱いは記載なし |
| BASEの振込手数料・事務手数料の金額 | 入金時に費用が発生するとQ&Aにあるが、金額の記載なし |
| STORESの対面クレジットカード決済手数料の割引率 | 割引があるとの記載のみで、率の記載なし |
| 各社の不正対策の標準装備の範囲 | makeshop以外はオプション料金の掲示を確認できなかった |
この記事で参照した情報
- カラーミーショップ「プラン・料金一覧」https://shop-pro.jp/plans/（クレジットカード・後払い・コンビニ払い・代引き決済・Amazon Pay・PayPay・楽天ペイの料率と月額、販売手数料0円、決済代行会社との契約が必要であること）
- makeshop by GMO「makeshopペイメント」https://www.makeshop.jp/main/function/makeshop_payment/（決済方法ごとの月額費用と決済手数料、AmazonPay・PayPayの利用条件、オプションサービスの料金、他社サービスとの比較表と注記）
- BASE「料金プラン・手数料」https://thebase.com/price/（決済方法ごとの決済手数料とサービス利用料、PayPay等のシステム手数料相当額1%）
- STORES「ネットショップを無料で開設」https://stores.jp/ec/pricing（対象決済手段の料率、3Dセキュア2.0への標準対応、対面クレジットカード決済手数料の割引）
- Shopify 日本「Shopify の料金プラン」https://www.shopify.com/jp/pricing（カードブランド別のオンライン決済手数料、外部サービスの取引手数料）
2026年9月25日に各社の公式ページで確認しました。料率・月額は改定されることがあります。注文単価に対する割合、決済構成別の実効負担は、公表されている料率から算出した当サイトの計算で、各社が保証する金額ではありません。決済サービスの利用には、サービスによって別途決済代行会社との契約が必要です。申し込み前に必ず公式の料金ページで最新の条件をご確認ください。
